در مسئله آزاداندیشی، از همان موج اول آن ابهام وجود داشت؛ از همان سال ۸۱ که توسط حضرت آقا نهضت آزاداندیشی و تولید علم مطرح شد، با وجود اینکه عده‌ای پای کار ایستادند، ولی باز هم ابهاماتی در همان زمان وجود داشت و این ابهامات تا به امروز هم کشیده شده است. نباید این ابهامات را ناچیز شمرد، چرا که به نظر می‌رسد عامل اصلی زمین‌گیر شدن موج‌های آزاداندیشی که در فضای علمی جامعه راه افتاده بود، همین ابهامات است. ابهاماتی که هنوز هم نسبت به آزاداندیشی وجود دارد و حل نشده است و مانع ارتباط گرفتن جامعه به خصوص جامعه انقلابی با این مفهوم کلیدی است.

به نظر می‌رسد این ابهام به خاطر مواجهه‌ای است که با آزاداندیشی داریم؛ در بدو امر نباید به سراغ آزاداندیشی از منظر جامعه رفت. آزاداندیشی به مثابه یک فرهنگ یا همان آزاداندیشی اجتماعی، نباید اولین مواجهه با آزاداندیشی باشد که حتی در همان هم به غلط به سراغ آزادی بیان می‌رویم. باید میان آزادی بیان و آزاداندیشی تفکیک کنیم.

برای رفع ابهام باید به سراغ سرچشمه ابهام رفت؛ سرچشمه ابهام آزاداندیشی فردی است. وقتی آزاداندیشی به عنوان یک پدیده‌ی فردی روشن نباشد، هر چقدر بخواهیم و تلاش کنیم نمی‌توان آزاداندیشی را به عنوان فرهنگ تبیین و روشن کرد. لذا لازم است آزاداندیشی از منظر فردی، در ابتدای امر به خوبی روشن شود.