گفته می‌شود که آزاداندیشی گلوگاه تولید علم واقعی است؛ در نگاه ابتدایی فهم این رابطه میان علم و آزاداندیشی راحت است و اینکه با آزاداندیشی است که از تقید و ترجمه آزاد می‌شویم و به سمت بومی‌سازی علوم پیش می‌رویم؛ برای آنکه در جستجوی راه‌های تولید علم است، آن هم علم واقعی، نه تقلیدی و نه پوشالی و نه ترجمه‌ای بلکه جوششی و بومی؛ اگر به آزادندیشی توجه کند، اهمیت و جایگاه آزاداندیشی در تولید علم را خواهد یافت.

از این جهت گفته شد که فهم این رابطه راحت است که ما حوزویان حداقل مباحثه و اشکال به استاد و توجه استاد به حرف شاگرد و سبک درس خارج را می‌فهمیم و استادی را که حتی در حرف شاگرد خود نیز به دنبال حق و حقیقت است، را استاد آزاداندیشی می‌بینیم و تصویر رابطه رشد علمی با آزاداندیشی برای‌مان راحت است.

امّا اگر کمی بیشتر تامل کنیم و این پرسش را به میان بیاوریم که مراد از علم و یا دانش که رشد آن را مدنظر داریم چیست؟ آیا دانش را همان مرسوم و مشهوری می دانیم که در کتاب‌ها است و تدریس می‌شود و یا نه، دانش را زنده می‌دانیم؛ نه آن جسد مرده در کتاب و کلاس!

اگر دانش واقعی و زنده آن دانشی است که در پس زیست یک جامعه مومن است، در اینجا کمی داستان متفاوت می‌شود و ضرورت آزاداندیشی بیشتر دیده می‌شود و بلکه آزاداندیشی برای تحقق این دانش حیاتی است. وقتی گفته می‌شود دانش زنده یعنی آن پیرزن یا پیرمرد بی‌سواد در یک روستا، یک زیست مومنانه دارد و براساس این زیست ادراکاتی دارد؛ این فهم‌ها و این ادراکات است که در سرصحنه هستند و یک دانش زنده را پدید می‌آورد و این دریافت‌ها اگر مرز دانش را جلو نبرند، در مرز دانش هستند، البته دانش زنده، نه آن جسد مرده از دانش در کتاب.

ما اگر الگوی تولید علم را اینگونه بدانیم، «آزاداندیشی» یک امر حیاتی می‌شود؛

اولا اگر قرار است که دانشمند و اندیشمند ما به این ادراکات رجوع کند، باید از بند خیلی چیز‌ها آزاد باشد؛ هم در مقام تفکر و هم در مقام تحقیق. اگر این الگو قرار است محقق شود باید دانشمند ما آنقدر آزاداندیش باشد که حتی در سخن و دریافت آن پیرزن بی‌سواد روستایی هم حق و حقیقت را ببیند؛ نه آنکه صرفا حق و حقیقت را در خود و یا اگر بخواهد آزاداندیشانه رفتار کند در جامعه‌ی علمی ببیند. به خصوص باتوجه به سیطره‌ی جامعه‌ی علمی بر اذهان، رقم خوردن این الگوی تولید علم نیازمند این است که آزاداندیشی یک فرهنگ عمیق بشود.

و دوما اینکه همچنین باید آزاداندیشی در کل جامعه  -نه فقط در جامعه علمی- به صورت یک فرهنگ باشد، تا آن پیرمرد هم بتواند دریافت‌های خود را مطرح کند و در آن بیندیشد و احساس کند که توان تعقل دارد و آنچه دریافته است ارزشمند است و ازقضا مورد احتیاج عده‌ای است و از ابراز آنچه دریافته نگرانی نداشته باشد.