گفته می‌شود که آزاداندیشی گلوگاه تولید علم واقعی است؛ در نگاه ابتدایی فهم این رابطه میان علم و آزاداندیشی راحت است و اینکه با آزاداندیشی است که از تقید و ترجمه آزاد می‌شویم و به سمت بومی‌سازی علوم پیش می‌رویم؛ برای آنکه در جستجوی راه‌های تولید علم است، آن هم علم واقعی، نه تقلیدی و نه پوشالی و نه ترجمه‌ای بلکه جوششی و بومی؛ اگر به آزادندیشی توجه کند، اهمیت و جایگاه آزاداندیشی در تولید علم را خواهد یافت.

از این جهت گفته شد که فهم این رابطه راحت است که ما حوزویان حداقل مباحثه و اشکال به استاد و توجه استاد به حرف شاگرد و سبک درس خارج را می‌فهمیم و استادی را که حتی در حرف شاگرد خود نیز به دنبال حق و حقیقت است، را استاد آزاداندیشی می‌بینیم و تصویر رابطه رشد علمی با آزاداندیشی برای‌مان راحت است.

امّا اگر کمی بیشتر تامل کنیم و این پرسش را به میان بیاوریم که مراد از علم و یا دانش که رشد آن را مدنظر داریم چیست؟ آیا دانش را همان مرسوم و مشهوری می دانیم که در کتاب‌ها است و تدریس می‌شود و یا نه، دانش را زنده می‌دانیم؛ نه آن جسد مرده در کتاب و کلاس!

اگر دانش واقعی و زنده آن دانشی است که در پس زیست یک جامعه مومن است، در اینجا کمی داستان متفاوت می‌شود و ضرورت آزاداندیشی بیشتر دیده می‌شود و بلکه آزاداندیشی برای تحقق این دانش حیاتی است. وقتی گفته می‌شود دانش زنده یعنی آن پیرزن یا پیرمرد بی‌سواد در یک روستا، یک زیست مومنانه دارد و براساس این زیست ادراکاتی دارد؛ این فهم‌ها و این ادراکات است که در سرصحنه هستند و یک دانش زنده را پدید می‌آورد و این دریافت‌ها اگر مرز دانش را جلو نبرند، در مرز دانش هستند، البته دانش زنده، نه آن جسد مرده از دانش در کتاب.

ما اگر الگوی تولید علم را اینگونه بدانیم، «آزاداندیشی» یک امر حیاتی می‌شود؛

اولا اگر قرار است که دانشمند و اندیشمند ما به این ادراکات رجوع کند، باید از بند خیلی چیز‌ها آزاد باشد؛ هم در مقام تفکر و هم در مقام تحقیق. اگر این الگو قرار است محقق شود باید دانشمند ما آنقدر آزاداندیش باشد که حتی در سخن و دریافت آن پیرزن بی‌سواد روستایی هم حق و حقیقت را ببیند؛ نه آنکه صرفا حق و حقیقت را در خود و یا اگر بخواهد آزاداندیشانه رفتار کند در جامعه‌ی علمی ببیند. به خصوص باتوجه به سیطره‌ی جامعه‌ی علمی بر اذهان، رقم خوردن این الگوی تولید علم نیازمند این است که آزاداندیشی یک فرهنگ عمیق بشود.

و دوما اینکه همچنین باید آزاداندیشی در کل جامعه  -نه فقط در جامعه علمی- به صورت یک فرهنگ باشد، تا آن پیرمرد هم بتواند دریافت‌های خود را مطرح کند و در آن بیندیشد و احساس کند که توان تعقل دارد و آنچه دریافته است ارزشمند است و ازقضا مورد احتیاج عده‌ای است و از ابراز آنچه دریافته نگرانی نداشته باشد.

مقام معظم رهبری در 14 مهر 1389 در دیدار با نخبگان ، در جهت پیشرفت علمی کشور و در ضمن نکات متعدد ، نکته ای را به شرح زیر باین نموده اند :

آنچه در کشور لازم است و میتواند موقع و جایگاه علمی کشور را به طور شایسته و افتخارانگیز به ما نشان دهد که بالا رفته، وجود یک چرخه‌ی علمىِ کامل است.
در همه‌ی بخشها یک چرخه‌ی به‌هم‌پیوسته‌ی مهمی از انواع دانشهائی که مورد نیاز کشور است، باید وجود داشته باشد تا اینها هم‌افزائی کنند و به کمکِ هم بیایند.
یک مجموعه‌ی کامل علمی در کشور بایستی به وجود بیاید؛ این هنوز نشده. این جزیره‌ها بایستی به طور کامل به هم متصل شوند، یک مجموعه‌ی واحد تشکیل شود؛ به هم کمک کنند، همدیگر را پیش ببرند، هم‌افزائی کنند، راه را برای جستجو و یافتن منطقه‌های تازه‌ی علمی در این آفرینش وسیع الهی باز کنند؛

به نظر میرسد این اندیشه که سعی در همساز نمودن تکه های متفرق از یک کل دارد، همان اندیشه ایست که به دنبال فهم و ارائه طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن است. بلکه همان اندیشه ایست که در پی فهم و ارائه وحدت قرآن و برهان و عرفان است.
اما تفاوتی که در دو مثال اخیر ( طرح کلی و قرآن برهان عرفان ) با بیان ایشان در باب پیشرفت علمی وجود دارد ، ساحت طرح این اندیشه است.
اندیشه انسجام گرا و منظومه گرا ، در ساحت نظر ، به واژه هایی مانند منظومه و طرح و مجموعه ترجمه میشود.
حال آنکه همین اندیشه در ساحت عمل عنوان چرخه را به خود میگیرد.

منظومه فکری ( که این هم اتفاقا مورد تاکید آقا هست ) همه تکه های فکر را جمع آوری میکند و همه را در یک نسبت دو طرفه با همدیگر نشان میدهد.

چرخه نیز اولا همه اعضا را به رسمت میشناسد و سعی میکند هرآنچه در مسیر هدف چرخه ( که در مثال پیشرفت علمی است) مطرح است را در بر بگیرد.
ثانیا برای تمامی این اجزا فعل و انفعال تعریف کند. به گونه ای که هم تغذیه بشود و هم تغذیه بکند، هم اثر بگذارد و هم اثر بپذیرد. به عبارتی تمام اجزا را در کار همدیگر تعریف میکند.

همان گونه که منظومه نظری موجب توفیق نظری میشود، یا چرخه عملی توفیق عملی یا پیشرفت حاصل میشود.