1-در شناسایی منشاء مسئله و سوال به اشتباه منشاء این پرسش «تعارض علم و دین در تفکر غربی» و «تعارض های علمی غرب با آموزه های مسیحیت» بیان شده است. در حالی که این مسئله را میتوان در ریشه هایی بس عمیق مشاهده کرد و آن را ذیل مسئله رابطه دین و دنیا قرائت کرد که همواره در اسلام نیز محل آراء و نظرات مخلتف بوده است. همین شناسایی اشتباه خواستگاه مسئله، سبب شده که مسئله به اشتباه و حداقلی تحلیل شود و تا آنجا پیش رفته که اساسا این دعوا را دعوای مفیدی در جامعه علمی اسلامی نداسته و نهایتا در سطح علوم انسانی آن را پذیرفته است.

2-روش بحثی علامه بزرگوار مصباح (ره) در تعیین معنای واژگان محل نزاع در ابتدای بحث از جهات متعددی بسیار کارآمد است و بحث رو تا حدود بسیار مطلوبی واضح میکند. ایشان دین را به «مجموعه گزاره هایی که به نوعی به سعادت انسان مربوط میشوند» تعریف میکنند. سلمنا که تعریف را قبول کنیم؛ اشکالی که در اینجا وارد است این است که اگر محل نزاع را «علم دینی» بنامیم(ممکن است ایشان این را قبول نداشته باشند) لفظ به کار رفته در محل نزاع «دینی » است نه « دین ». واژه دینی ممکن است در جایی به کار رود که بر اساس اندیشه های سعادت انسان که دین به ما ارائه کرده است چیز هایی تولید کرده ایم یا تجربه هایی را تحلیل کرده ایم. به این امور دین نمی گوییم ولی قطعا دینی میگویم.
اگر ایشان واژه دینی را اخذ میکردند، نمی توانستند تجربه های مبتنی بر اندیشه های دینی را، با این استدلال که در مسیر سعادت انسان مفید نیستند، علم دینی ننامند. چون این نتایج بر اساس اندیشه های دینی گرفته شده اند و اگر بر اساس اندیشه های غیر دینی بودند یقینا نتایج متفاوت و علم متفاوتی تولید می کردند.

3-علم دینی به معنای این نیست که صفر تا صد یک علم از دین استخراج شده است که به غیر از علومی که دغدغه سعادت انسان را دارند، به سایر علوم نمی توان دینی گفت. ممکن است بر اساس مبانی دینی که دغدغه هدایت انسان را دارند، علوم تجربی حاصل میشود. اساسا شکل گیری علم تجربی بدون در نظر گرفتن اندیشه های غیر تجربی در لایه های مختلف علم، از مبانی گرفته تا تحلیل آزمایشات تجربی ممکن نیست. لذا میتوان ادعا کرد که هیچ علم تجربی ای تجربه محض نیست و در لایه های مختلف وامدار داده های غیر تجربی است. بنابراین اندیشه های دینی و غیر دینی دو علم تجربی متفاوت را به دست می دهند.

شاید در اصل تجربه بتوانیم بگوییم که تجربه وابسته به دین نیست و تجربه دینی و غیر دینی نداریم، لکن در علم تجربی که مخلوط تجربه و غیر تجربه است قطعا دینی و غیر دینی داریم.
4- جمله دیگری که از قول علامه مصباح (ره ) نقل شده این بود که «علمی که دینی نامیده میشود علمی است که از نظر مبانی و روش و اهداف با دین حداقل سازگار باشد.»

چرا سازگاری حداقلی مبنا قرار گرفت؟ این ملاک باعث میشود که نظریات علمی جهان فقط از حیث عدم مخالفت با ضروریات دین مورد ارزیابی قرار گیرد و اگر مخالفتی نداشت آن علم مورد پذیرش ما قرار گیرد و منسوب به دین شود. این نگاه باعث میشود که در ساختار های رسمی هر نوع قانونی را با هر اندیشه ای به تصویب برسانیم و سپس شورای نگهبان به عنوان حافظ اسلامیت نظام فقط عدم مخالفت آن قوانین با اسلام را مورد بررسی قرار دهد و هیچ سازو کاری برای طراحی قوانینی که اساسا از دل تفکر اسلامی به دست آمده باشند و تمدن اسلامی را رقم زنند وجود نداشته باشد. این نگاه باعث میشود که خروجی موسسه امام خمینی ره فقط افرادی باشند که نظریات غربی در علوم انسانی را با قال صادق و قال باقر ع تقویت و تحکیم کرده اند و روانشناسی اسلامی و اقتصاد اسلامی و…. را پدید آورده اند. در نامیدن یک علم به علم دینی صرف اینکه سازگاری حداقلی داشته باشد کافی نیست و باید در مبانی روش و اهداف کاملا از آموزه های دینی تغدیه کند و از بستر دین به دست آمده باشد.

به علاوه این اشکال مطرح میشود که علوم تجربی موجود که طبق ادعای مقرر محل نزاع نیستند و دینی غیر دینی ندارند، در هم سه لایه مبانی ،‌روش و اهداف با دین سازگارند؟؟؟؟ لااقل در سطح مبانی که مسلم است سازگار نیستند.

5- دلیل تفکیک بین علوم تجربی و علوم انسانی از قول علامه مصباح (ره) اینگونه بیان شد که «ما در اسلام معضلی به عنوان تعارض دین اسلام با علوم تجربی نداریم. به این دلیل که منابع دینی ما دست نخورده است و انحرافی در آن اتفاق نیفتاده است. اگر تعارضی هست از جنس تعارض در ظنیات است که باید بررسی کرد.
لکن عمده تعارضی که ما در اسلام با علوم داریم در علوم انسانی است. علوم انسانی در هدف با دین اشتراک دارند و برای سعادت انسان به میدان آمده اند»

اولا تعارض بین دین و علوم تجربی فقط به دلیل انحراف دین نیست که بگوییم چون اسلام منحرف نشده لذا با این علوم تعارضی ندارد. اسلام با تجربه تعارضی ندارد لکن با علوم تجربی که بر مبنای اسلامی تدوین نشده اند یقینا تعارض دارد. در اینجا نیز بین تجربه و علوم تجربی خلط صورت گرفته است و لذا تصور شده که علوم تجربی صرفا تجربه های واقع نما هستند و اسلام نیز با واقعیت منطبق است.

ثانیا چرا سعادت انسان منحصر در علوم انسانی شده است و علوم تجربی از محدوده سعادت انسان خارج شده است؟ به چه دلیل چگونگی ساخت جهان،‌دستکاری طبیعت، تکنولوژی های مختلف، شهر سازی،‌ نظام پزشکی و….. در سعادت انسان بی تاثیر هستند؟ چرا علوم تجربی به این که «دو دو تا 4 تا» یا اینکه «چه دارویی برای شکم درد خوب است» تقلیل داده شده است؟ علوم تجربی منحصر در همین چیز های جزئی هستند یا اساسا نظام زندگی دنیایی انسان را در دست گرفته اند و برای آن نسخه می پیچند؟ اینکه مسجد در کجای شهر ساخته شود،‌خانه ها به چه سبک باشد،‌ رنگهای شهر به شکل باشد، شهر چگونه ساخته شود که رابطه ی همسایه ها در آن حفظ شود، گیاهان و حیوانات در طراحی شهر چه جایگاهی دارند و هزاران سوال مهندسی دیگر به سعادت انسان بی ربط است؟ زندگی دنیایی انسان و مادیات تاثیری در سعادت انسان ندارد؟ چه طور این بخش از حیات انسان مربوط به سعادت او نیست؟ اصلا چرا خداوند متعال ما را در این دنیا با این خصوصیات آفرید و اساسا چه نیازی به این علوم است؟
دین برای هدایت انسان آمده و انسان وجوده مختلفی دارد و دین باید همه وجوه او را پوشش دهد و برای آن برنامه داشته باشد.