در حوزه علمیه اصلا جایی برای بررسی اندیشه طلاب و اصلاح و ارتقای آن تعریف نشده و فقط علم و دانش به رسمیت شناخته می شود.
از اولین روزی که طلبه وارد حوزه می شود، او را با صرف و نحو سرگرم می کنیم و پس از آن نیز، منطق و فقه و اصول و کلام و فلسفه و …اما در حین آموختن این دانش های لازم و ضروری، برای نظام تعلیم و تربیت حوزه اهمیتی ندارد که طلبه چگونه می اندیشد؟ اگر هم به آن پرداخته شود، به عنوان حاشیه ای بر کلاس های علمی و با اهمیت درجه دوم به آن می پردازیم.
درحالیکه آنچه به عنوان خروجی طلبه به جامعه سرایت می کند، اندیشه طلبه است؛ نه دانش او. دانش، مربوط به فضاهای علمی حوزه است؛ اما موضع گیری ها، سخنرانی ها و سایر بروندادهای طلاب، بر اساس اندیشه های آنهاست.
حتی نحوه مواجهه با علوم حوزوی هم، متأثر از اندیشه طلبه است. اینکه به فقه با نگاه سنتی نگاه می کند، یا اینکه سعی می کند فقه را با نگاه تمدنی قرائت می کند. یا اینکه به دنبال امتداد فلسفه است یا چنین رسالتی را متوجه این دانش نمی بیند؟ و اگر می بیند، به چه صورت؟ و …
فارغ از اینکه اندیشه به صورت تخصصی شناخته نشده، با تعاریف سطحی تر نیز، اهمیت آن درک نشده و به آن پرداخته نمی شود، جایی برای ارتقای اندیشه طلبه در نظر گرفته نشده و لذا، عموماً طلاب از سطح اندیشه ایِ راقی و غنی ای برخوردار نیستند.
تاکید حضرت آقا بر آثار شهید مطهری، علامه مصباح و سایر اندیشمندان نیز، از این جهت بوده است؛ این موضوع تا جایی در اندیشه ایشان اهمیت دارد، که حتی می فرمایند باید برای تفکر (اندیشه ورزی) نیز، استاد فکر داشته باشیم. اما وقتی تنها مسئله مهم، سطح علم و دانش طلبه است و نه سطح اندیشه و فکر او، حتی با وجود برنامه هایی مثل طرح ولایت، بینش مطهر و … همچنان آن تأثیر و رشد اندیشه ای که باید، دیده نمی شود.